OJS menggunakan sistem peran (roles) yang komprehensif untuk membagi pekerjaan di antara para pengguna, menetapkan alur kerja (workflow), serta membatasi akses ke berbagai bagian dalam sistem sesuai dengan peran masing-masing.
Karena satu instalasi OJS dapat menampung beberapa jurnal, pengguna dapat didaftarkan ke dalam berbagai peran pada lebih dari satu jurnal. Sebagai contoh, seseorang dapat menjadi editor sekaligus penulis pada jurnal yang sama. Selain itu, orang tersebut juga dapat berperan hanya sebagai penulis pada satu jurnal, reviewer (penelaah) pada jurnal lain, dan editor pada jurnal yang berbeda.
Ketika seorang pengguna masuk (login) ke dalam sistem, mereka akan diarahkan ke Dashboard. Dari halaman ini, mereka dapat melihat semua fungsi sistem yang dapat diakses sesuai dengan perannya. Sebagai contoh, seorang Reviewer hanya akan melihat naskah (submission) yang ditugaskan kepadanya untuk ditelaah, sedangkan seorang Editor akan melihat seluruh naskah yang berada dalam alur kerja editorial (editorial workflow).